Sejak berdiri hingga kini, AJI secara nasional mempunyai kepedulian pada tiga isu utama.
Ketiganya, perjuangan guna mempertahankan kebebasan pers, meningkatkan profesionalisme, serta meningkatkan kesejahteraan jurnalis.
Organisasi yang sempat dilarang di masa Orde Baru itu pun menolak dana APBN juga APBD dengan berbagai pertimbangan.
AJI pun selektif terkait pendanaan dari lembaga nonpemerintah. Setidaknya lembaga tersebut tak berindikasi tersangkut kasus korupsi, pelanggaran HAM, kejahatan lingkungan, serta pelanggaran perburuhan. (*)