Fatoni menjabat sebagai Direktur Jenderal Bina Keuangan Daerah Kemendagri sejak 10 Maret 2022 lalu.
Sebelumnya menjabat Kepala Badan Penelitian dan Pengembangan (BPP) Kemendagri, merangkap jabatan Pelaksana Harian (Plh.) Dirjen Bina Keuangan Daerah. Pada saat menjabat Kepala BPP, Fatoni merangkap dan diberikan amanah sebaga Pjs Gubernur Sulut.
Fatoni juga dipercaya sebagai Wakil Sekretaris Lembaga Pendidikan Maarif (LP Maarif) Penguris Besar Nahdatul Ulama (PB NU) periode 2022-2027. Selain itu, Fatoni tercatat sebagai Pendiri Pondok Pesantren Tahfizd dan Lembaga Pendidikan Al-Hikmah Istiqomah Way Kanan, Lampung. (*)