Sejalan berkembangnya waktu, peningkatan teknologi canggih pun turut disematkan pada kapal selam ini.
Salah satunya yakni saat dilakukan pemasangan Torpedo Countermeasure System (TCMS), yang kemampuannya bisa menembakkan amunisi Mobile Acoustic Jammer (MAJ) dan Mobile Acoustic Decoy (MAD).
Fitur pada KRI Nagapasa (403) itu bertujuan menjadi sarana pertahanan diri untuk menghadapi serangan torpedo dari lawan. (*)