Tidak hanya terkait dengan NII Komandemen Wilayah IX. Pimpinan Ponpes Al Zaytun, Panji Gumilang juga disebut mengadopsi ajaran Isa Bugis dan Lembaga Kerasulan.
Pendiri NII Crisis Center Ken Setiawan menyatakan, ajaran Isa Bugis merujuk agama Yahudi.
Ajaran ini memandang agama Islam dari tolok ukur hanya berdasar rasio dan menolak seluruh ajaran Islam yang prinsipil.
BACA JUGA: MUI Bentuk Tim Gabungan, Teliti Soal Salam Yahudi di Ponpes Al Zaytun
Penafsiran ayat-ayat dalam kita suci juga dilakukan hanya berdasar keinginan mereka.
Ken menyebut, ajaran Isa Bugis berupaya mengilmiahkan agama dan kekuasan. Kemudian menolak hal-hal yang tidak masuk akal mereka.
Aliran Isa Bugis ini banyak diikuti oleh kaum intelektual yang memiliki kecenderungan lebih menggunakan akal dan pikiran.
Karena itu, tidak heran jika ritual ibadah di Pondok Pesantren Al Zaytun cenderung tidak biasa dan berbeda dengan ajaran Islam pada umumnya.
BACA JUGA: Ken Setiawan Sebut 80 Persen Santri Ponpes Al Zaytun Anak-anak Warga NII?
Untuk ajaran Lembaga Kerasulan, memiliki faham bahwa rasul diutus hingga hari kiamat.
Pengikut ajaran tersebut meyakini bahwa rasul merupakan individu.
Karena itu, sebagai individu mesti ditunjang oleh lembaga yang mengatur semua urusan dan persoalan terkait.
"Manusia yang menjabat rasul boleh meninggal, tapi jabatan rasul tetap ada sampai kiamat," kata Ken.
Tidak hanya menafsirkan nabi dan rasul belum ditutup dan bakal ada sampai hari kiamat.
Ken Setiawan memaparkan bahwa ajaran lembaga kerasulan ini juga mengharuskan anggotanya bai’at serta taat pada imam.